细胞内天然蛋白的丰度差异极大，低丰度或瞬时结合的蛋白（如许多转录因子、修饰酶等）在细胞裂解液中的浓度微乎其微，在传统的质谱分析中极易被高丰度蛋白信号掩盖或在洗脱中丢失。而20K人类蛋白组芯片上的每种蛋白质都是经过体外真核系统表达纯化后再点制的，在芯片点上的浓度和纯度较高。这种高丰度、高密度的重组蛋白排布，能够提供足够的特异性结合位点，从而灵敏地捕获到那些相互作用较弱、解离较快或结合时间极短的瞬时相互作用信号，大幅降低了低丰度靶点的漏检率。

20K人类蛋白组芯片能够用于混合物样本（如中药提取物、复方成分、复杂天然产物馏分等）的直接靶点筛选，并已有客户完成过类似项目 。不过，多组分共存会带来一定的竞争结合效应。反映在芯片图像上，可能会在特异结合的蛋白点内观察到非均一的荧光排布或局部碎斑状亮点 。因此，虽然混合物可以筛靶并获得阳性候选列表，但后续仍需结合具体的单体化合物开展进一步的针对性物理验证。

天然产物和小分子中药单体往往具有极其复杂的“一药多靶、一药多效”调控特点，如果采用常规手段逐个猜测并验证靶点，时间成本和科研经费投入将极其庞大。20K芯片只需极微量（微克级）的小分子样品，即可在单次实验中实现两万余种人源蛋白的无偏见扫描 。它不仅能帮助科研人员在一系列未知候选物中高效鉴定出真实的物理结合靶蛋白，其产出的一份“全景靶点图谱”还可为后续不同疾病方向的持续挖掘提供丰富的“靶点资源池”。这种“一次投入，多点突破，数据可反复开发”的科研产出模式，使其性价比优势显著。

理想的研究闭环需要将组学的“广度”与芯片直接筛靶的“精度”进行有机协同，把“起因”与“结果”有机地穿插起来：

（1）组学提供“战场轮廓”： 通过多组学研究发现药物处理后差异调控的通路，比如激活了脂肪酸氧化或抑制了某类转录因子；

（2）20K人类蛋白组芯片寻找“始发扳机”： 利用20K芯片无偏筛选出小分子的直接物理结合靶标，排除大量下游次级改变的假靶标干扰；

（3）建立因果关联： 验证20K芯片筛到的直接靶标是否确实调控组学中发现的那条差异通路，例如证实靶蛋白结合后会促进通路中转录因子的入核活化；

（4）功能确证： 通过基因敲除阻断该直接靶点，证明此时药物无法激活组学发现的下游通路且药效表型消失，从而建立起“药物 -> 直接靶点 -> 通路调控 -> 组学表现 -> 表型好转”的因果关系链条，通过这一研究路径可高效发表高水平学术论著。

20K人类蛋白组芯片提供了一个无偏、全长重组、纯体外物理直接结合的超高可靠性直接靶标库，排除了细胞裂解液中次级复杂的蛋白复合物干扰。

Pull-down+MS在含有细胞特定内源修饰、特定亚细胞结构及特定生理激活状态的实际细胞裂解液中进行富集，提供了接近生物真实的结合环境。

将两者重叠交集（Venn分析），能从原理上将“体外特异性直接结合”与“细胞内天然生理互作”高度贴合，大幅收窄验证名单，得到的交集靶点往往具有极高的确证率和学术可信度，是目前高水平学术期刊非常推崇的靶点筛选组合范式。

该技术的核心逻辑在于利用经过特殊设计的化学探针与目标蛋白之间的特异性物理相互作用来完成靶点捕获。首先，研究人员会根据活性化合物的结构特征构建三功能模块探针；随后，探针进入活细胞与靶蛋白结合，通过化学或物理手段（如光交联）将这种结合状态固定为稳定的共价连接。最后，利用点击化学反应引入富集标签，结合质谱技术实现对潜在药物作用靶点的定性与定量鉴定。

反应基团的主要功能是作为“锁定器”，负责将探针与目标蛋白之间的瞬时结合转化为稳定的化学联系。例如，在光交联ABPP中，反应基团通常为光敏基团，在特定波长的紫外光激活下，它能产生高反应性的自由基或活性中间体，与结合区域附近的氨基酸残基形成稳定的共价连接。这种机制能够有效捕获那些在传统洗涤过程中极易解离的弱结合或瞬时结合蛋白。

炔基标签由于其分子量极小、结构简单，对活性化合物原始的空间结构和理化性质影响极低。相比直接连接分子量更大的生物素标签，炔基标记能够最大程度降低因修饰导致的探针失活风险，使得活细胞筛选出的结果能更真实地模拟原始药物在细胞内的自然行为。

竞争组是筛选高可信靶点、降低假阳性的核心质量控制环节。仅仅依靠探针富集，可能会捕获到大量由于丰度高而产生的非特异吸附蛋白。设置竞争组可以验证这些蛋白是否能被未经修饰的原型药物竞争，从而确认其结合的真实性和特异性。

通过比较探针组与原型药物竞争组之间的蛋白定量变化，研究人员可以观察到信号的“动态下降”。对于那些由非特异吸附产生的背景蛋白，其富集信号在原药加入后通常保持不变；只有真正的特异性靶点，其富集信号才会在竞争前后出现明显差异。

基于原型药物筛选，无需对样本进行标记；筛选特定细胞系或模型细胞，靶点特异性强；跑胶处理能够过滤掉一些非特异肽段，鉴定结果更准确；靶点数量一般在几十到二百左右；达吉特会在DARTS实验中进行动态酶浓度摸索，针对样本设置最适实验条件；三重复技术保障，组内CV 值控制在低水平；各类样本均有丰富经验，细胞、组织、复方、菌类等；达吉特能够深度解读MS及生信分析数据，指导客户挑选高置信度靶点。