SPR不仅能判断“是否结合”，还能通过拟合分析提供三个核心参数：结合速率常数（ka），反映分子结合的快慢；解离速率常数（kd），反映复合物的稳定性及解离难易；以及平衡解离常数（KD = kd / ka），数值越小代表亲和力越强。这些参数共同构成了分子间相互作用的深度写照。

CM5是通用型芯片，通过随机氨基偶联共价固定蛋白，连接牢固但取向随机，可能遮盖活性位点。NTA芯片则专门针对His标签蛋白，利用镍离子螯合作用进行定向捕获，对蛋白活性影响极小，且支持表面的可逆固定与再生，减少了条件摸索的时间。

筛靶原理决定结果。DARTS或Pull-down可能捕获到蛋白复合体中的间接结合蛋白；网络药理学预测存在大量假阳性。SPR检测的是“直接物理结合”，如果两者在体外无相互作用，即使在细胞内有关联，SPR也会显示不结合，从而导致验证失败。

主要取决于样品的性质和实验所需的数据类型。BLI（生物膜干涉技术）操作流程简便，对样品纯度要求不高，无需复杂的微流路系统，可直接检测粗制样品，因此在高通量筛选和前期初步验证中应用较多。MST（微量热泳动）的优势在于样品消耗量极低，且能在血清、细胞裂解液等复杂基质中稳定工作，适合样品珍贵或需模拟真实生理环境的研究场景。ITC（等温低定量热法）是唯一能够直接测量结合反应热量变化的技术，可同时提供亲和力、焓变（ΔH）、熵变（ΔS）以及结合计量比，对于深入理解结合过程的驱动力具有不可替代的价值。

然而，在大多数药物研发和分子机制研究中，研究者不仅需要知道结合强弱，还关心结合与解离的速率，并常常需要开展竞争性结合或多重分析。SPR（表面等离子共振）技术能够实时、无标记地监测整个相互作用过程，完整输出结合速率（ka）、解离速率（kd）和亲和力常数（KD），同时其数据被领域内广泛认可为金标准。在样品量和经费允许的情况下，SPR能够提供最全面的动力学信息和最强的数据说服力，因此通常作为首选的综合分析工具。其余三项技术则可根据特定需求，在相应环节中发挥补充作用。