短梯度（10-20min）： 峰容量极低，导致大量成分堆叠（叠峰），高强度信号会掩盖低丰度活性成分，且无法区分同分异构体。

长梯度（40-60min）： 能有效拉开不同极性的物质，提升分离度，是实现高准确率定性的基础。

常用数据库分为三类：第一类是不分来源的通用库，干扰性较大；第二类是基于文献整理的库，虽排除了非中药成分，但因仪器不同导致保留时间（RT）无法匹配；第三类是实物标准品库，所有标准品在同一台质谱仪上测定，保留时间恒定，鉴定准确率可达95%。

中药中的小分子存在成分复杂、含量低、同分异构体多等特点，对其鉴定存在非常大的困难，标准品及标准品库的建设能力一定程度制约了中药小分子成分鉴定的数量及准确性。根据《2020 版中国药典》中收录的所有中药，我们对其多达 5000+种中药小分子成分：如黄酮类、皂苷类、生物碱类、有机酸类、苯丙素类等标准品，用同一台质谱仪进行碎裂和鉴定，收载了超过 20000 张高分辨的准确质量二级质谱图谱，所有图谱中的碎片信息再经过严格的验证流程进行质量校正，建立了中药小分子标准品质谱离子谱图库。该谱图库为中药乃至中药复方有效成分的解析垫定了坚实的基础。

成分鉴定属于定性实验（确认存在与否），通常不需要生物学重复。建议将同一时间点多只动物的血液合并为一个样本，以汇集低丰度信号，提升鉴定数量。

设置末次给药后不同的时间点采集血样或组织样本，这是因为药物进入到血液或组织中有快有慢，发生代谢的速度也有快有慢，所以为了尽可能地把所有能够进入到血液或组织中的成分及其生成的代谢产物鉴定出来，需要采集不用时间点的样本进行检测。但是因为我们的入血入组织分析只是定性分析，重点在于分析哪些成分能够进入血液或组织，转化成了哪些代谢产物，因此需要对给药后不同时间点的样本做混样检测。

（1）对于原型成分，将原方鉴定出来的所有成分都在给药组生物样本鉴定结果中提取对应的分子式、分子量，保证原型成分鉴定是没有遗漏的；

（2）对于代谢产物成分，根据I相、II相代谢途径规律及文献报道，将原方成分可能发生的代谢产物，都进行判断并列出。将分析得到的所有潜在代谢产物对应的分子式、分子量都在给药组生物样本的鉴定数据中进行搜索提取。若有二级碎片，再通过裂解规律确定是否符合母核结构，保证代谢产物尽可能多的鉴定出来。

（3）之后，在空白组生物样本中对上述所有鉴定到的原型成分和代谢产物进行搜索。若某成分在空白组中也存在，则判定其为生物样本中的内源性物质并予以剔除；保留仅在给药组中出现的成分，确认为复方入血/入组织的原型成分或其外源性代谢产物。该流程即通过空白组扣除生物样本中的内源性干。

• TIC（总离子流图）： 所有离子强度加和，反映样品的总体复杂度和含量。

• BPI（基峰图）： 仅显示每个时间点最强离子的强度，图谱更清晰，背景噪音低。

• EIC（提取离子图）： 仅追踪特定质荷比（m/z）的信号，用于目标化合物的检测与定量。