并不存在准确性上的直接比较，只是最后鉴定到的靶点蛋白的数量上有差异。非标记的方法由于受到了结合原理的限制，筛选到的靶点蛋白要比有标记的方法更少。标记法是在钓靶前先对小分子进行生物素/炔基/荧光等修饰，合成小分子探针，从而更方便地检测与目标蛋白的相互作用，提高灵敏度和特异性，使得靶标蛋白的检测变得更加容易。在所有的靶点筛选方法中，只能说20K人类蛋白组芯片是这些靶点筛选技术中假阳性率相对更低的一种。但这些靶点筛选方式都属于高通量靶点筛选，都不可避免的存在假阳性。值得一提的是，这些靶点筛选技术产生的假阳性会比组学分析或者虚拟筛选的假阳性低得多。