癌症细胞常因蛋白质稳态失衡面临慢性ER应激,却通过重编程未折叠蛋白反应(UPR)实现存活、增殖和耐药,而内质网相关降解(ERAD)作为关键蛋白质质量控制机制,在此过程中发挥重要调控作用。长期以来,开发有效的小分子ERAD调节剂一直是化学生物学和肿瘤治疗领域的难点。
2026年,安徽医科大学联合美国马里兰大学医学院研究团队在《Nature Communications》(IF=15.7)发表题为“A small molecule VDAC ligand inhibits ERAD and induces selective cancer cell death via disruption of calcium homeostasis”的研究论文。本研究通过高通量高内涵筛选体系,从近10万个化合物中发现全新小分子ERAD抑制剂 NCATS-SM0225(225),并通过ABPP技术鉴定其直接靶点为电压依赖性阴离子通道(VDAC)所有三种亚型。该分子通过干扰钙稳态、激活 IP3R-PERK-STIM1 信号轴,实现癌细胞选择性杀伤。

01、基于高内涵系统高通量筛选ERAD抑制剂
研究团队针对ERAD表型构建了1536孔板高内涵筛选体系。该系统通过监测NHK(ER腔内误折叠蛋白)和CD36(ER膜蛋白)从ER到胞质的易位过程,实时量化ERAD活性(图1A)。以硼替佐米为中性对照、p97抑制剂NMS-873为阳性对照,筛选96,047个化合物后获得956个初筛阳性化合物(图1B-C)。经药效浓度依赖性验证、二级CD36-drGFP确认及细胞毒性检测流程,最终锁定了候选小分子225(图1D)。功能验证显示,225 呈剂量依赖性抑制 ERAD 底物的逆向转运,IC50 低至 1.02 μM,可显著阻断错误折叠蛋白的泛素化与降解,并稳定 ΔF508CFTR 蛋白,是高特异性、高活性的全新 ERAD 抑制剂。

图1 基于高内涵系统高通量筛选ERAD抑制剂
02、225诱导ERAD关键组分选择性降解并激活PERK信号
225处理HeLa细胞后,剂量和时间依赖性地显著下调ERAD核心组分HERP1、OS9和FAM8A1蛋白水平,同时伴随PERK磷酸化迁移(图2A)。蛋白酶体抑制剂可阻断这一降解,而溶酶体抑制剂与p97/VCP抑制剂无效,表明225诱导的降解依赖蛋白酶体与ERAD途径。转录组GSEA分析显示UPR通路显著富集,其中PERK激活最为突出。PERK抑制剂能够部分缓解225诱导的细胞死亡(图2B-C)。这些数据表明,225通过抑制ERAD易位,触发ERAD复合物关键蛋白的降解,并激活PERK介导的促凋亡信号。

图2 225诱导ERAD关键组分选择性降解并激活PERK信号
03、光亲和ABPP技术鉴定225的直接靶点为VDAC
为揭示225的分子靶点,研究者合成了光亲和探针225-cc。证实该探针保留ERAD抑制活性后,利用ABPP技术筛选鉴定225-cc的靶点蛋白(图3A)。结果显示,225的结合靶点并非传统的ERAD组分,而是线粒体外模上的电压依赖性阴离子通道蛋白VDAC1、VDAC2和VDAC3三种亚型(图3B-C)。经MST、CETSA+WB及VDAC敲除实验多维度验证了225与VDAC的直接结合及其功能调控作用(图3D-F)。

图3 光亲和ABPP技术鉴定225的直接靶点为VDAC
04、VDAC介导225诱导的钙稳态失衡、ERAD破坏及癌细胞选择性死亡
机制研究发现,225结合VDAC后,后引发了胞质、线粒体及内质网内的钙离子水平显著上升。这种钙稳态的破坏触发了PERK-STIM1信号轴的激活,进而驱动HERP1、OS9和FAM8A1等ERAD核心组分发生选择性降解(图4A-C)。而该过程形成正反馈环路,在敏感癌细胞中持续抑制 ERAD 功能、激活促凋亡 UPR 信号,在正常成纤维细胞中却未观察到类似效应,体现了小分子225的肿瘤选择性。体内实验结果也进一步证实,225是兼具安全性与有效性的全新抗癌先导化合物(图4D-E)。

图4 VDAC介导225诱导的钙稳态失衡、ERAD破坏及癌细胞选择性死亡
总结与讨论
本研究通过高内涵筛选结合光亲和ABPP靶点鉴定,从药物筛选到机制探索,系统阐明了小分子225靶向VDAC诱导钙稳态失衡、破坏ERAD并选择性杀伤癌细胞的完整机制。在当代新药发现中,高内涵筛选系统能够超越传统的单一维度检测,在活细胞中通过对细胞形态、蛋白定位及细胞器功能等多维度参数的同步监测,实现对海量活性分子的精准评价。而光亲和ABPP技术作为靶点鉴定领域的“前沿利器”,能够在活细胞原位环境中实现药物靶点的全面捕捉,为活性分子的机制解析提供可靠的靶点证据。
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相关文献
Yan, W., Talley, D.C., Syam, A. et al.A small molecule VDAC ligand inhibits ERAD and induces selective cancer cell death via disruption of calcium homeostasis.Nat Commun 17, 1058 (2026).