标记法就是在钓靶前先对小分子进行生物素/炔基/荧光等修饰，合成小分子探针，从而更方便地检测与目标蛋白的相互作用，提高灵敏度和特异性，使得靶标蛋白的检测变得更加容易。非标记法是在不修饰天然产物的情况下识别目标蛋白，能够更好地反映天然状态下的相互作用，避免标记过程可能带来的生物活性或结合特异性的变化。一般情况下，优先推荐标记法，筛选到的靶点蛋白更全面。非标记法往往受到结合原理的限制，如果靶点蛋白在自然条件下不易受蛋白酶或者温度的影响，则不会被检测到。但非标记法由于不需要对小分子进行标记，其实验周期相比标记法的几种技术更短。靶点筛选方法的选择具体还是要依据自身情况以及样本情况评估后来选择。