基于标记的靶点筛选方法有20K人类蛋白组芯片、ABPP、Pull down+MS、SPIDER和GPCR膜蛋白芯片。其中20K人类蛋白组芯片的主要优势在于能够筛选到小分子直接靶点蛋白以及检测到微弱结合、瞬时结合的蛋白；除此之外，因为20K芯片上的蛋白种类比较丰富，一次实验结果得到的靶点蛋白可能适用于多种研究疾病方向，从而产出多篇文章，具有极高性价比；也由于20K芯片是体外实验，假阳性率相对较低。ABPP和Pull down相比20K芯片的靶点筛选结果，会存在一定的间接性结合蛋白，但由于ABPP和Pull down需要提供靶细胞，筛选到的靶点蛋白会更符合研究方向。

ABPP相比Pull down，由于是炔基标记，分子量更小，所以ABPP除了和Pull down一样在细胞裂解液水平上钓靶外，还能够在活细胞水平上进行钓靶。另外两种标记法SPIDER和GPCR膜蛋白芯片主要是专攻于膜蛋白的靶点筛选。GPCR膜蛋白芯片最大的优势在于筛选到的都是小分子的直接结合膜蛋白；SPIDER是在活细胞体系中钓靶，类泛素化连接反应增加膜蛋白的检出率，但筛选到不一定是直接结合蛋白。