首先，对复方进行原方成分分析，即解方，以明确复方中所含的化合物成分。这一步骤至关重要，这是我们后续研究是否可行、可信的基础。中药发挥疗效的成分一般是被吸收到血液中的物质，可能是药物中的原型成分或者药物代谢产物等。因此，对于复方的高水平机制研究需要在成分分析的基础上，进一步进行入血/组织成分分析。通过与原方成分的比对，我们可以了解哪些成分能够进入血液循环和组织，从而发挥药效，以及哪些成分是通过转化成代谢产物后继而发挥药效的。

接下来，需要从这些中药单体中筛选出能够用于深入研究的活性单体。我们可以通过两种主要的筛选方法来实现：基于表型筛选和基于靶点筛选。基于表型筛选即通过动物或细胞模型，观察复方成分对疾病模型的治疗效果，从而选取具有与复方类似治疗作用的活性单体；而基于靶点筛选，是针对已知的关键靶蛋白，通过反向SPR实验高效地筛选出与之相互作用的活性分子。此外，也可以利用网络药理学，借助计算机模拟，预测活性单体的作用靶点和功能。这些方法各具优势，互为补充，能够帮助我们从不同角度筛选出最具研究价值的活性天然产物。

筛选出复方中主要的活性天然产物后，再向下可以从靶点方向或者药效机制方向继续深入研究。

（1）如果是基于靶点找到的活性天然产物，我们可以继续进行药效机制研究，包括动物或者细胞模型，进行多组学（蛋白组学、代谢组学、转录组学、空间组学）以及信号通路等全面解析复方的作用机制。

（2）如果是基于表型筛选到的活性天然产物，我们可以去继续寻找其下游的功能靶点蛋白。通过标记法或非标记法靶点筛选策略实现。标记法通过生物素、炔基标记等手段，捕获与活性小分子结合的靶点蛋白；非标记法则基于蛋白的酶解稳定性或热稳定性，筛选出与小分子相互作用的蛋白。筛选出潜在靶点后，进一步进行靶点验证，确认其与活性小分子的相互作用关系。