在进行DARTS预实验或正式跑胶后，许多实验人员会因为在凝胶成像图上未能观察到清晰的给药组和对照组差异条带而感到焦虑，但这在学术界和实际项目经验中是一种极为普遍的正常现象。由于细胞或组织裂解液是一个包含上万种天然蛋白的极其复杂的生物大分子体系，在同一个分子量段（即胶图上的同一位置）往往密集堆叠着数个甚至数十个不同的蛋白质；当小分子药物结合并特异性稳定其中某一个靶蛋白使其不被降解时，该靶蛋白在凝胶上保留的微弱灰度变化极易被同分子量区域其他大量非特异性降解或未降解蛋白的背景信号所彻底掩盖。因此，在大部分已发表的高水平文献和成熟的商业技术服务流程中，研究人员在跑完压缩胶后，都不会采用“针对某条特异差异条带切胶”的落后方式，而是直接采用整胶切块、整胶消化并直接上机打质谱（MS）的无偏向分析方案，这样能最大化地捕获裂解液中所有被微弱保护或敏感降解的蛋白质信号，获得更为全面和置信度极高的靶点数据集。